مخطط أسبوعي
Fiche contact
Dr. Bouchair khadidja
Grade: Maitre Assistant B
Institut:Des sciences et de Technologies
Département: Sciences de la nature et de la vie
Faculté: Sciences et technologie
Public cible :Master 1 Biotechnologie végétale
Intitulé du cours : Bio-informatiqueCrédit: 02
Durée : 15 semainesMode d’évaluation: Contrôle continu, examen final
Contact : par mail au k.bouchair@centre-univ-mila.dz
Objectifs du cours
Les objéctifs du cours sont présentés comme suit :1- connaître les définition de bases de données et banques de données
2- faire la différence entre bases de données et banques de données
3- connaître les étapes du travailles sur la base de données NCBI4- Recherche d'alignement des séquences par Blast/NCBI
5- savoir les étapes des travailles par logiciel MEGA7
6- les étudiants précisent des outils pour analyser les problèmes de biologie moléculairePrérequis
Pour pouvoir tirer le maximum de ce cours il faut connaitre :
- informatique
- Biologie moléculaire.
Plan global
Objectifs
Connaissances préalables recommandées
teste de prérequis
Introduction
chapitre 01: Les Banques et Bases De Données Biologiques
chapitre02: Alignement pair et multiple
chapitre 03: phylogénie
Test de Sortie
Introduction
Introduction
Le terme de « bioinformatique » date du début des années 80. Cependant, le concept sous-jacent de traitement de l'information biologique est bien plus vieux. Durant les années 60, la biologie moléculaire a eu besoin de modélisation formelle, ce qui a mené à la création des « biomathématiques ».
1-Définition
On trouve un grand nombre de définitions selon l'acception du terme et selon la prépondérance de "bio" sur "informatique" ou l'inverse.
➢ La bio information est l'information liée aux molécules biologiques : leur séquence, leur nombre, leur(s) structure(s), leur(s) fonction(s), leurs liens de "parenté", leurs interactions et leur intégration dans la cellule ...
➢ Cette bio information est issue de diverses disciplines : la biochimie, la génétique, la génomique structurale, la génomique fonctionnelle, la transcriptomique, la protéomique, la biologie structurale (structure spatiale des molécules biologiques, modélisation moléculaire ... ), ...
➢ Une définition de la bioinformatique : analyse de la bioinformation par des moyens informatiques
La bioinformatique est la science de l’utilisation de l’ordinateur dans l’acquisition, le traitement et l’analyse de l’information biologique. Le terme, très vague au départ, tend maintenant à se limiter à la biologie moléculaire. Les données traitées par la bioinformatique sont toutes celles qui intéressent le biologiste : séquences d’ADN ou de protéine mais aussi références bibliographiques, images, résultats expérimentaux bruts, logiciels, etc.
L’exploitation de toutes ces données biologiques, l’accès de manière rapide et fiable aux
données disponibles dans les banques internationales et l’analyse des données expérimentales produites à grande échelle nécessitent des outils informatiques puissants et en perpétuel développement. Assembler les séquences brutes, trouver les unités fonctionnelles des séquences génomiques, comparer les séquences entre elles, prédire les structures et les fonctions des macromolécules, comprendre les interactions entre les gènes et leurs produits en termes de réseaux métaboliques mais aussi l’évolution des espèces : toutes ces questions nécessitent l’utilisation de la bioinformatique et son développement.
Tout comme les cartographes dressaient des cartes du monde antique, les biologistes ont
péniblement dressé la cartographie de l’ADN humain durant les trois dernières décennies
du XXe siècle. Le but est de déterminer la position des gènes sur les différents
chromosomes, afin de comprendre la géographie du génome.
2- Domaine et utilisation:
Elle s’intéresse aux données du :
- génome (totalité du matériel génétique de la cellule),
- transcriptome (ARNm transcrits),
- protéome (l’ensemble des protéines bio synthétisées),
- métabolome (molécules organiques telles que lipides, glucides, faisant partie des activités métaboliques de la cellule vivante).
3- Objectifs:
La bioinformatique propose des méthodes et des logiciels qui permettent:
- Le recueil, le stockage et la gestion des données biologiques et leur distribution à travers les réseaux.
- Le développement des outils pour analyser les problèmes de biologie moléculaire.
- L’analyse, la comparaison et la prédiction de la structure des gènes.
- La modélisation et la prédiction de la structure et de la fonction des protéines.
- Les études phylogénétiques et l’évolution moléculaire des êtres vivants.
Donc l’intérêt de l’étude de la bioinformatique a pour but de : L’identification, la taxonomie, l’évolution
chapitre 01
Espaces d'échange
Support en PDF
Support web
Version écran (SCORM)
Aides et ressources externes et web
Recherche d’Alignement des séquences du gène ARNr16S sur NCBI
Activité d'apprentissage
Chapitre 02
Espace d'échange
Support en PDF
Support Web
Version écran (SCORM)
Aide et ressources externes et web
Manipulation du logiciel MEGA 06
Activités d'apprentissage
les étapes et les programme utilisés pour la construction d’arbre phylogénétique par logiciel MEGA 6
Glossaire du cours
est la science de l'utilisation de l'ordinateur dans l'acquisition, le traitement et l'analyse de l'information biologique
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