Chapitre 3 : Les logiciels et algorithmique

Utilisation

Vous êtes biologiste et vous voulez savoir quel est le degré de parenté et l'histoire évolutive entre les différentes espèces végétaux que vous êtes en train d'étudier.

Méthode

La méthode la plus fiable, celle qui ne vous induira pas en erreur par des ressemblances morphologiques superficielles, c'est la phylogénie moléculaire[1] : comparer le génome de vos plantes.

Pour ce faire, vous disposez désormais de banques de données regroupant des millions de séquences d'ADN correspondant à des dizaines de milliers d'espèces vivantes. Mais, sans outils adaptés pour les comparer, elles resteront une suite muette de A, T, C et G.

Complément

C'est là qu'interviennent Olivier Gascuel et Stéphane Guindon, chercheurs au Laboratoire d'informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier (Lirmm).

Ces chercheurs ont mis au point en 2003 un puissant algorithme. Il permet d'estimer les relations évolutives liant un ensemble d'organismes à partir de la comparaison de leur ADN ou bien des acides aminés de leurs protéines.

Fondamental

On comprend pourquoi : cet algorithme permet de réduire drastiquement les temps de calcul par rapport aux méthodes précédentes. De plus, il peut être utilisé avec des données bien plus complexes et longues. Personne n'osait aborder des problèmes qui mettaient en jeu 100, 200 ou 500 espèces et des séquences longues de plusieurs milliers, voire dizaines de milliers de lettres. Après des jours et des jours de calcul on devait tout arrêter sans avoir obtenu de résultat. Leur algorithme permet de traiter ces données. »

  1. La phylogénétique moléculaire

    La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie).

PrécédentPrécédentSuivantSuivant
AccueilAccueilImprimerImprimerRéalisé avec Scenari (nouvelle fenêtre)