Les microscopes optiques (à lumière transmise ou photoniques) permettent l’observation de cellules vivantes ou mortes, grâce à des coupes très fines de préparations fixées. L’échantillon est éclairé en lumière transmise, et est examiné à travers un système optique qui comprend :

a)       Un objectif: qui donne une image grossie de la structure étudiée.

b)       Un oculaire: qui permet l’examen de l’image.

L’image de l’échantillon est agrandie jusqu’à 1000 fois, avec un pouvoir séparateur de 1/10 de micromètres.

a- Le microscope à fluorescence : est un microscope optique qui porte deux filtres interposés entre l’échantillon coloré par des molécules fluorescentes, app: fluorochromes :

•  Le premier filtre ne laisse passer que la lumière qui excite le fluorochrome.
•  Le deuxième filtre ne laisse passer que la lumière émise par le fluorochrome.

Les fluorochromes absorbent une lumière spécifique, et émettent une lumière différente.

Ex : la Fluorescéine et la Rhodamine.

Dans ce type de microscope les structures à étudier apparaissent très colorées sur un fond noir.

b-Le microscope à contraste de phase : il est basé sur le fait que l’onde lumineuse qui traverse les structures est retardée et change de phase par rapport à l’onde qui arrive directement à l’observateur.

Ce type de microscope permet l’observation de structures vivantes, non fixées et non colorées, en absence de coloration ces structures sont peu ou pas visibles. Les structures observées apparaissent en relief.